1962年9月召开的中共八届十中全会上，“毛泽东同志把社会主义社会中一定范围内存在的阶级斗争扩大化和绝对化，发展了他在1957年反右派斗争以后提出的无产阶级同资产阶级的矛后仍然是我国社会的主要矛盾的观点，进一步断言在整个社会主义历史阶段资产阶级都将存在和企图复辟，并成为党内修正主义的根源。”会议期间，康生指责小说《刘志丹》是为高岗翻案，得到毛泽东的首肯。因此，曾经支持过这部小说写作的习仲勋等人被罗织成为高岗翻案的“反党集团”。彭德怀因于这年6月向党中央、毛泽东递交了申诉书，要求平反，于是大会决定成立两个专案委员会，分别对彭德怀、习仲勋同志进行审查。也有人在会上批评中央统战部“要把民主党派改造成社会主义政党和社会主义领导核心”，李维汉被迫作了自我批评，并表示将回到中央统战部进行检查。
1962年10月，中央统战部在学习和贯彻八届十中全会精神时，以所谓“政策理论检查”的名义，对李维汉自1956年以来在政策研究过程中提出的一些理论政策性意见，进行了不点名的批评，历时半年多。不少与会干部不赞成对一些正确的统一战线政策、理论简单地予以否定，对指向李维汉的批评抱有疑问和不理解。
1964年5月，中共中央召开工作会议，毛泽东在会上提出中国会不会出修正主义的问题，并在一次讲话中，点名批评了中央统战部。他说：“统战部是同国内资产阶级打交道的，但是里面却有人不讲阶级斗争”，“要把资产阶级的政党变成社会主义政党，并且定了五年计划，软绵绵地软下来了，就是要向资产阶级投降。”根据中央工作会议精神和毛泽东的批评，中央统战部从8月开始，召开部务会议，对李维汉进行了点名的第二轮批判。
经过几次会议后，中央统战部于1964年12月26日向中共中央呈送了《中央统战部李维汉同志的问题的报告》，给李维汉罗列了八条罪名。12月25日，中共中央决定撤销李维汉的中央统战部部长职务；随后不久，在三届全国人大和三届政协全体会议上，又撤销了他的全国人大常委会副委员长、常委和全国政协副主席、常委的职务。
对李维汉的两次错误批判，不仅使这位德高望重的老一辈无产阶级革命家，为中国共产党的统一战线事业的发展壮大作出过重大、突出贡献的卓越领导人，蒙受了不白之冤，而且使一系列重大的统战理论政策的是非完全颠倒了，造成了统战工作中极大的思想混乱。把这种批判推向全国，更使不少统战、民族、宗教干部受到株连、迫害，造成了大批冤假错案，使党的统一战线工作遭受到严重损失。这两场错误批判，实际上是“文化大革命”在统一战线系统的预演和前奏，导致了严重的后果。